linux下Circos怎么安装

linux下Circos安装

circos下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/

下载后解压：

tarxvfzcircos-0.67-pre4.tgz

然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录

cdcircos-0.67-pre4/bin

检查所需模块：

./circos-modulesok1.26Carpok0.40Cloneok2.63Config::Generalok3.40Cwdok2.145Data::Dumperok2.55Digest::MD5ok2.84File::Basenameok3.40File::Spec::Functionsok0.2301File::Temp

不是ok的都是缺少的perl模块，需要手动安装。

安装方法为使用perlCPAN安装这些perl模块。命令：

perl-MCPAN-eshell

出现下面提示符，即可继续安装。

CPAN[1]>

以安装Clone模块为例，install命令安装，如下：

CPAN[1]>installClone

提示安装成功即可安装下一个模块。

如perl -MCPAN -e shell命令失败，出现如下情况：

Can'tlocateCPAN.pmin@INC(@INCcontains:/usr/local/lib64/perl5/usr/local/share/perl5/usr/lib64/perl5/vendor_perl/usr/share/perl5/vendor_perl/usr/lib64/perl5/usr/share/perl5.).BEGINfailed--compilationaborted.

则需先安装perl-CPAN，命令如下：

yuminstallperl-CPAN

注意：

其中GD模块安装前需安装GD作图库，命令为：

yuminstallgd*

有些模块安装可能会失败，这时候可强制安装：

CPAN[1]>forceinstallClone

所有模块安装完后在检查一遍：

./circos-modules

全部为ok即可。