KEGG数据库pathway注释信息下载的示例分析

KEGG数据库-pathway注释信息下载

前面我们介绍KEGG数据库下载中前两部分：

1. KEGG 中蛋白序列的下载

2. 蛋白对应的pathway 相关注释

有了这两部分，我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注，那就需要下载pathway想的注释文件。主要有3类：

1. KGML 文件：

这个文件是对pathway 进行定义的文件，修改该文件就可以对代谢通路进行改变，比如通过颜色标注一些基因的差异表达信息。访问API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。

2. conf文件

conf 文件是对代谢通路中不同蛋白进行关联的文件，比如同一个酶，在不同的物种中对应不同的蛋白编号。

访问的API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/conf

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。

3. image 文件

这个文件就是我们看到的代谢通路图片。访问的API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/image

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。

通过这3个文件，我们就可以对pathway 进行一些可视化的定制了，比如关联不同的基因信息，标注基因的上下调信息等